ISA server dapat diinstall dalam 3 mode yang berbeda yaitu Firewall mode, Cache mode, dan Integrated Mode, yang menggabungkan firewall dan caching dalam satu komputer. ISA Server bisa berfungsi antara lain sebagai Internet Firewall. Internet firewall merupakan pemisah antara jaringan internal atau intranet dengan jaringan luar atau Internet. ISA server akan melindungi jaringan internal dari serangan-serangan yang berasal dari luar sehingga jaringan internal menjadi aman. ISA server akan mengontrol apa saja yang boleh dari dalam ke luar maupun sebaliknya.

ISA juga berfungsi sebagai Secure Server Publishing. ISA Server akan berada di depan server yang diwakilinya misalkan e-mail server sehingga e-mail server tersebut aman dari serangan luar. Hal lainyang bisa dilakukan dengan ISA server adalah kemampuan Forward Web Caching Server. Dengan fasilitas ini ISA server akan meng-cache content dari web site yang ada di Internet sehingga jika ada client di jaringan internal meminta yang sama maka akan diambil dari cache sehingga akses menjadi lebih cepat dan menghemat bandwidth.

Dengan Reverse Web Caching Server, ISA server seolah-olah bertindak sebagai web Server yang akan melayani menggunakan cache yang dimilikinya, jika tidak ada baru ISA server akan menghubungi web server yang bersangkutan. Dalam jaringan berskala luas ISA server memiliki fasilitas yang bernama Integrated Firewall dan Web Cache Server. Dengan fsilits ini ISA server bisa menggabungkan antara Firewall dan Web caching server sehingga tidak perlu mesin terpisah dan ini menghemat biaya dan memudahkan administrasi.